Depending on the application, the <filename>.d</filename> directory is used directly or managed by an external script which will concatenate all the files to create the configuration file itself. It is important to execute the script after any change in that directory so that the most recent modifications are taken into account. In the same way, it is important not to work directly in the configuration file created automatically, since everything would be lost at the next execution of the script. The chosen method (<filename>.d</filename> directory used directly or a file generated from that directory) is usually dictated by implementation constraints, but in both cases the gains in terms of configuration flexibility more than make up for the small complications that they entail. The Exim4 mail server is an example of the generated file method: it can be configured through several files (<filename>/etc/exim4/conf.d/*</filename>) which are concatenated into <filename>/var/lib/exim4/config.autogenerated</filename> by the <command>update-exim4.conf</command> command.
Afhankelijk van het programma wordt de <filename>.d</filename> directory rechtstreeks gebruikt of beheert door een extern script na iedere verandering in die directory, zo dat de meest recente aanpassingen in rekening worden genomen. Op dezelfde manier is het belangrijk om niet rechtstreeks te werken in de automatisch gegenereerde configuratiebestanden, omdat alles verloren zou zijn bij de volgendeuitvoering van het script. De gekozen methode (<filename>.d</filename> directory rechtstreeks gebruikt of een bestand in die directory) is meestal gedicteerd door de implementatie beperkingen, maar in beide gevallen is het voordeel in de zin van configuratie flexibiliteit, maar de gewonnen flexibiliteit maar deze kleine complicaties dat dit met zich meebrengt, meer dan goed. De Exim4 Email server is een voorbeeld van de gegenereerde-bestand methode: het kan geconfigureerd worden door verschillende bestanden (<filename>/etc/exim4/conf.d/*</filename>) welke aaneengeschakeld worden in <filename>/var/lib/exim4/config.autogenerated</filename> door het <command>update-exim4</command> commando.